中药材历来讲究原产地，是为“道地”，一旦改变了环境，不管是外在环境，还是改变内在的基因，都会使药性发生改变。每一种“中药性味”的保持可能和多种成分，甚至和全部成分有关，不同的加工炮制过程都会改变中药的作用性能。
而近年来，为了适应快速生产中药材的需要，满足生产者用懒人农业的办法生产中药材，一些研究机构竟然将转基因，将这种在食品应用面临全球争议的技术，在中药材中使用。转基因中药到底改变了什么，其特性、毒性、气味发生了哪些改变，目前都是未知数。
药材转基因，药农钻空子
早在年，就有人利用转基因技术，提高枸杞等药材的抗病虫害能力和药材产量。年，新华社也曾报道宁夏培育成功转基因枸杞新品种。宁夏农科院课题组首次将对蚜虫具有显著抗性且对人畜无害植物源基因——雪花莲凝集素酶基因导入枸杞细胞，获得了抗蚜虫的转基因枸杞株系。其中，两个株系已经通过了农业部转基因安全性评审。
中药转基因技术，已经可以实现一种药用植物替代多种药用植物的程度。植物“转基因”毛状根技术已经在年已经实现了26个科多种植物的成功“转基因化”，其涵盖了中药常用的黄芪、黄连、何首乌、紫草、人参、丹参、绞股蓝、半边莲、桔梗、决明子、大黄、甘草、茜草、青蒿等。
目前列为转基因研究项目中药包括：金银花、忍冬藤、连翘、板蓝根、鱼腥草、人参、太子参、大枣、枸杞、核桃仁、丹参、绿豆、黄芪、百合、青蒿、何首乌、龙眼肉、杜仲、甘草、半夏、桔梗、银杏、麻黄、防风、芦根、地骨皮、竹叶、菊花、广藿香、巴戟天、枳壳、夏枯草等。
中药市场放开以后，药材变成了“农副产品”，没多少人再指导农民种药了。现在种药主要靠价格调节，哪个上涨种哪个，哪种方法长得最大最快就用哪种。为了尽早上市，药农采收的天麻里面都是瘪的。桔梗生长两三年才能达标，现在人工种植一年就可以了。
药材采集之后，最基本的工作是除去泥沙和混杂物。然而目前市场上的材，茵陈、蒲公英、菟丝子等所含泥沙重量几乎占20%以上。丹皮不刮皮抽心，白芍不去老根，板蓝根不去根头部，桃仁、杏仁不去皮，酸枣仁大量含壳，麦冬、莲子不去心……
饮片切法不同，药效也不同。板蓝根薄片的浸出物还原糖含量明显高于斜片、厚片。但现在药工怕切到手，随意把药片薄片改厚片，厚片改块状。片薄如飞的天麻，只能停留在老药工的记忆中了。
药监局明令禁止中药材转基因
年，国家药监局发布《中药材生产质量管理规范》（征求意见稿）明确规定“禁止人工选育的多倍体或者单倍体品种、中间杂交品种和转基因品种”。
修订后高标准严要求贯穿整个《规范》，特别是重大质量环节。如产地一般应选择传统道地产区，对可能影响中药材质量而数据不明确的种质如转基因品种、多倍体品种等不允许使用，禁止使用壮根灵、膨大素等生长调节剂，在产地初加工和贮藏环节禁止硫熏，不得使用国家禁用的高毒性熏蒸剂等。
要求中药材生产全过程实行可追溯。